第５４回 人工知能学会 分子生物情報研究会（SIG-MBI）（第１８回オープンバイオ研究会と共催） 日時：２０１４年３月２０日（木） １３：００より ２１日（金） １５：００まで（予定） 場所：北陸先端科学技術大学院大学(JAIST) 知識科学研究科講義棟２Ｆ中講義室 内容：初日は SIG-MBI の研究発表です。特にテーマを限りませんので、奮って御応募下さい。 初日の発表希望者は、概要を以下の様式で佐藤 (ken@t.kanazawa-u.ac.jp) までお送り下さい。 著者(講演者に◯)、所属 代表者の連絡先 講演タイトル 講演概要(数行程度) 希望講演時間(分) ★ Subject: には必ず「発表希望」と御書き下さい。★ 採択およびプログラム編成は世話人にご一任下さい。 二日目は、オープンバイオ研究会主体です。2013年10月31日、 生命医薬情報学連合大会のJSBi2013年年会DBCLS主催セッショ ンでは、オープン・サイエンス・アワードとバイオハック・コ ンペティションを開催しました。オープン・サイエンス・アワー ドのノミネート作品と結果を見ると、国内でも多くのオープン ソースなバイオインフォマティクスのソフトウェアが開発され てきていることが伺えます。 一方、バイオハック・コンペティションは準備期間が短かった こともあり、応募作品が少なかった点が残念でした。今回の 「第18回オープンバイオ研究会」に引き継ぎます、ということ になりましたので、3/21 の当日までに、 ・オープンソースとして公開できる最近つくったコード ・簡単な説明スライド を用意してきてください。日々の業務で作ったちょっとしたスク リプト、ワンライナー、システム、ウェブのインターフェース、 なんでも構いません。説明スライドについては、例年のように 「４コマプレゼン」形式による発表をお願いします。 ４コマ プレゼンは、起承転結４枚のスライドを使ったライトニング トークで、 手軽に準備でき活発な議論・交流も促進されるとい うメリットをもつ、オープンバイオ研究会発の発表形式です。 スライドには、 課題：どのような問題があったのでソフトウェアを作ったか 結果：どのように解決できるようになったか or 出力結果の例 ライセンス：ソフトウェアのライセンス（オープンソースが望ましい） URL：公開先のリンク（GitHub の gist とかでもOK） のポイントについて数枚以内で簡単にまとめて来て頂ければと 思います。なお、内容によっては下記の部門で特別賞が出るかも しれません。 Semantic Web 部門 - NBDC の公募プロジェクト + DBCLS では RDF を利用したデータベース統合を今後も推進しています。 Illumina 部門 - BaseSpace SDK などを活用してみてください。 発表の後、ポスターセッションにイーゼルパッド/模造紙的な白紙 を用意します。議論の内容をライブで書き留めて、研究会の最後に 少し時間をとって各自で研究会の Wiki にまとめてもらうイメー ジで考えています。 なお、４コマプレゼンの過去の経緯については、参考までに 第11回, 第13回, 第14回, TogoWiki, MLの投稿記事 などをご参照ください。 JAISTへの道程： http://www.jaist.ac.jp/general_info/access/ 小松空港からJAISTへの移動について： JAIST送迎車（上記URL参照）の利用を希望する方は、必ず下記の 情報を佐藤までお知らせ下さい。宿泊申込をされる方は、通信欄 に書いて頂ければ結構です。 ・利用する日 ・飛行機の便名 ・送迎車の便名（上記JAISTへの道程のページから辿れる送迎車運行表を参照） ・携帯電話の番号 但し、送迎車１便につき先着９名までなので、満席の場合はタク シー等に乗り合わせて来て頂くことになります。タクシーに４人 乗車すれば１人１５００円程度で済みますので、飛行機の便が確 定している方は、事前に佐藤までメールでお知らせ下さい。同じ 便に乗る方同士で、互いに情報を交換できるように致します。 宿泊先：辰口温泉 まつさき旅館 〒923-1245 石川県能美市辰口町3-1 tel 0761-51-3111 注：宿泊料は約１３０００円です（朝夕食付き）。 宿泊の申し込みは以下のURLで受け付けています。 http://bioinfo.ec.t.kanazawa-u.ac.jp/~ken/sigmbi/reserve.html 締め切りは、宿泊・講演申し込みともに
３月１４日（金）です（延長しました）
。 研究会のみ参加(講演宿泊共になし)の場合：無料。参加登録の必要も ありません。 問い合わせ先(世話人)： 佐藤賢二 ken@t.kanazawa-u.ac.jp 金沢大学 理工研究域 電子情報学系
プログラムが決まりました！
13:00-13:30
分子ロボティクス研究の現状と課題 -アメーバ型ロボットは実現可能か？-
○小長谷明彦（東京工業大学）
２０１２年度より、新学術領域「分子ロボティクス」が感覚班、知能班、アメーバ班、スライム班からなる４名の班代表、２５名の計画研究者および連携研究者により始動した。２０１３年度からは２７名の公募研究を加え、DNA、RNA、リポソーム、ゲル、分子モーター、微小管、アクチンフィラメントなどの生体分子を用いた分子ロボット作成技術に取組んでいる。本講演では、アメーバ班の活動を中心に、分子ロボット研究の現状と課題について報告する。
13:30-14:00
分類木を用いた分子構造の自動分類の試み
○林亮子（金沢工業大学 工学部 情報工学科）
著者は近年粗放的に分子シミュレーションを行って材料設計を行うことを目的として研究開発を行っている．最初のステップとして，C2H2F2分子の３種類の異性体分類を検定問題に用いている．今回は分類木を用いて，構造最適化ジョブの結果データから構造自動分類を試みた結果を報告する．
14:00-14:10
休憩
14:10-14:30
潜在的に翻訳されるRNAとそのデータベース
○山下理宇（東北大学 東北メディカル・メガバンク機構）
翻訳されるRNAはmRNAとして知られている。しかしながら、近年では、それ以外のnon-codingと言われていたRNAも翻訳される可能性があることが示唆されている。本発表では、翻訳される可能性があるRNAのまとめとそのデータベースについて述べる。
14:30-14:50
TogoGenome/TogoStanza による微生物情報統合
◯川島秀一、岡本忍、片山俊明（ライフサイエンス統合データベースセンター）
ライフサイエンス統合データベースセンターでは、セマンティックウェブ技術を利用した生命科学データの統合利用環境を開発している。その具体化の一つとして、TogoGenomeとTogoStanzaというRDFデータ利用システムを開発し、その上で、微生物関連情報の検索サービスを公開しているので、その現状について報告したい。
14:50-15:10
再現性のあるシーケンスデータ解析環境構築のためのBioDevOps
◯二階堂愛（理化学研究所情報基盤センター バイオインフォマティクス研究開発ユニット）
DNAシーケンサーから出てくるデータは多様でかつ大量である。これらのデータを解析するには、数多くのツールを組み合わせる必要があるが、動作する最新の解析環境を常に維持するのは困難である。そこで、我々は、OSやソフトウェア管理をコーディングで行う技術DevOps を利用し、解析環境を再現よく簡便に整えるための一群のツールを提供する、BioDevOps プロジェクトを開始した。このオープンソースプロジェクトでは、DevOps を利用し、シーケンス解析用の仮想OSを構築し、各ユーザの仮想環境や、商用のクラウド、理研バイオクラウドシステム(仮称)での動作を目指す。
15:10-15:20
休憩
15:20-15:40
（内容未定）
◯Gos Micklem (University of Cambridge)
15:40-16:00
An hypothesis on estrogen receptor alpha binding sites with motif pattern for an effect on long-range gene regulation
◯Vutha Phav, Akihiko Konagaya (Tokyo Institute of Technology)
Among 173 estrogen receptor alpha binding sites (ER-αBSs) separated by palindrome and tandem motif, we found ER-αBSs with tandem and palindrome are distant and uniformly distributed from transcription start site (TSS). By extracting and analyzing 5000 nucleotides from TSS of detectable genes, we may find clusters of motif pattern with a biological implication for a new motif pattern through protein interaction.
